Με την υπ’ αριθμόν 249991 Κοινή Υπουργική Απόφαση των Υπουργών Οικονομίας και Οικονομικών – Εθνικής Άμυνας (ΦΕΚ τ.Β΄/846/30 Μαΐου 2007) συνίσταται στο Υπουργείο Εθνικής Άμυνας Ειδικός Λογαριασμός με τίτλο “Ειδικός Λογαριασμός ΥΠΕΘΑ”, για τη χρηματοδότηση ερευνητικών προγραμμάτων και μελετών του ΥΠΕΘΑ.

Σκοπός του Ειδικού Λογαριασμού είναι η αξιοποίηση των πάσης φύσεως εσόδων του ΥΠΕΘΑ από χορηγήσεις – επιχορηγήσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης, Κυβερνητικών Οργάνων και μη Κυβερνητικών Οργανώσεων και λοιπών φορέων του εσωτερικού και εξωτερικού, καθώς και η χρηματοδότηση των δαπανών εφαρμογής – εκτέλεσης ερευνητικών προγραμμάτων και μελετών της Γεωγραφικής Υπηρεσίας Στρατού, της Υδρογραφικής Υπηρεσίας Πολεμικού Ναυτικού, των Ανωτάτων Στρατιωτικών Εκεπαιδευτικών Ιδρυμάτων, των Ερευνητικών Κέντρων και Νοσοκομειακών Μονάδων των Ενόπλων Δυνάμεων, καθώς και η χρηματοδότηση των πάσης φύσεως υπηρεσιών, που απορρέουν και παρέχονται στα πλαίσια εφαρμογής – εκτέλεσης των προγραμμάτων αυτών.

Οι πόροι του Ειδικού Λογαριασμού είναι:

– Χορηγήσεις των χρηματοδοτικών Οργάνων της ΕΕ, στα πλαίσια εγκεκριμένων προγραμμάτων, ενεργειών, δράσεων. Οι χορηγήσεις της ΕΕ μεταφέρονται στον Ειδικό Λογαριασμό με μέριμνα των αρμόδιων υπηρεσιών, κατά τις κείμενες διατάξεις.

– Χορηγήσεις – επιχορηγήσεις από Ερευνητικά Κέντρα, Κυβερνητικά Όργανα, μη Κυβερνητικές οργανώσεις, κλαδικούς φορείς, φυσικά – νομικά πρόσωπα ή ενώσεις προσώπων, που δε συνιστούν νομικά πρόσωπα του εσωτερικού ή εξωτερικού.

– Έσοδα από διπλώματα ευρεσιτεχνίας και προϊόντων έρευνας, δωρεές, παροχές και επιχορηγήσεις.

Η Διοίκηση του Ειδικού Λογαριασμού, ανήκει στον Υπουργό Εθνικής Άμυνας, μέσω των παρακάτω Οργάνων του ΥΠΕΘΑ:

– Επιτροπή Διοίκησης του Ειδικού Λογαριασμού,

– Διαχειριστική Επιτροπή του Ειδικού Λογαριασμού,

– Γραμματεία του Ειδικού Λογαριασμού, υπαγόμενη στην Γενική Διεύθυνση Οικονομικού Σχεδιασμού και Υποστήριξης (ΓΔΟΣΥ).