Η Γραμματεία του Ειδικού Λογαριασμού, υπάγεται στη Γενική Διεύθυνση Οικονομικού Σχεδιασμού και Υποστήριξης (ΓΔΟΣΥ) του ΥΠΕΘΑ.

Αποτελείται από τους:

– Προϊστάμενο Γραμματείας του Ειδικού Λογαριασμού,

– Υπόλογο Κεντρικό Διαχειριστή της Ειδικής Κεντρικής Διαχείρισης Χρηματικού του Ειδικού Λογαριασμού,

– Μερικούς Διαχειριστές της Ειδικής Κεντρικής Διαχείρισης Χρηματικού του Ειδικού Λογαριασμού,

– Λοιπό Διοικητικό προσωπικό.

Ο προϊστάμενος της Γραμματείας και ο Υπόλογος Κεντρικός Διαχειριστής της Ειδικής Κεντρικής Διαχείρισης Χρηματικού του Ειδικού Λογαριασμού, ορίζονται σύμφωνα με τις διατάξεις του ΥΠΕΘΑ.

Προϊστάμενος της Γραμματείας είναι ο Διευθυντής της ΔΙΔΕΑΠ.

Οι αρμοδιότητες της Γραμματείας του Ειδικού Λογαριασμού καθορίζονται στο ΦΕΚ σύστασής της (ΦΕΚ τ.Β’/846/30 Μαΐου 2007) και επιπλέον έχει εξουσιοδοτηθεί για την κατ’ αρχήν έγκριση συμμετοχής φορέων του ΥΠΕΘΑ σε ερευνητικές – αναπτυξιακές προτάσεις, μέσω του καθορισμού συγκεκριμένων κριτηρίων αξιολόγησής τους, και τη διεξαγωγή διαπραγματέυσεων για την προετοιμασία – ωρίμανση των υπόψη προτάσεων.

Τα κριτήρια που πρέπει να πληροί μιας πρόταση είναι:

– Τεκμηρίωση ενδιαφέροντος από φορέα/φορείς των ΕΔ για προτάσεις συνεργασίας,

– Μη δημιουργία υποχρεώσεων για διάθεση κονδυλίων εκ μέρους του ΥΠΕΘΑ σπό τη συμμετοχή του στις υπόψη προτάσεις,

– Σε περίπτωση που απαιτείται οικονομική συμμετοχή του ΥΠΕΘΑ, την εκ των προτέρων επίσημη εξασφάλιση των απιατουμένων πόρων. 

Η τελική αρμοδιότητα εξέτασης, αξιολόγησης και έγκρισης των προτεινομένων προγραμμάτων, παραμένει στην Επιτροπή Διοίκησης του Ειδικού Λογαριασμού.